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而「不良反應」是指註射疫苗後產生有害的個別反應，此項反應與疫苗接種之間，具有合理的因果關聯性。至於「副作用」與不良反應類似，也是與接種疫苗之間具有合理之因果關聯性，唯不一定對人體有害。
常見由COVID-19疫苗所引起的局部或全身性的不良反應為註射部位壓痛、全身倦怠、發熱或發燒等，這些症狀多可預期，且幾天後皆能自行緩解。
Q8：接種COVID-19疫苗後，我若出現了副作用或不良事件，該怎麼辦？
疫苗接種後可能發生的反應大多為接種部位疼痛、紅腫，通常於數天內消失。其他可能反應包含疲倦、頭痛、肌肉痠痛、體溫升高、畏寒、關節痛及噁心，這些症狀通常輕微並於數天內消失。
如症狀持續，或發生嚴重過敏反應、其他具臨床意義之事件者，應盡速就醫釐清病因，並告知醫師曾接種疫苗，以作為診斷之參考，同時請醫師通報當地衛生局或疾病管制署。
Q9：通報COVID-19疫苗接種不良事件後，接下來會發生什麼事？
接種院所或就醫院所提供個案必要之醫療協助。衛生單位接獲疫苗接種後不良事件之通報，會聯繫個案進行關懷及提供衛教，並追蹤個案之預後狀況。若遇特殊事件時，將啟動個案調查或專家審查，以及時了解事件與疫苗之關聯性。
所有通報資料亦交由食藥署／藥害救濟基金會之「全國藥物不良反應通報中心」，進行疫苗安全訊號偵測及釐清。如分析後發現過去所不知或不清楚，但具有一定程度疫苗安全性意義之不良事件，則進一步釐清與評估；並考量是否須採行風險管理措施（如仿單加註），或是需以流行病學研究方法進行評估，以確保疫苗接種之安全性。
Q10：接種COVID-19疫苗會導致我感染COVID-19？
否。目前國際間核准使用的疫苗成分，並沒有包含具活性的SARS-CoV-2病毒，這代表COVID-19疫苗不會導致您感染COVID-19。
接種疫苗可幫助我們免疫系統學會如何辨識和抵抗COVID-19病毒，過程中有部分人可能會出現發燒症狀，是接種疫苗後可預期的反應之一，並非代表是感染COVID-19的症狀。
疫苗接種需要兩周後才能產生免疫力，有些疫苗需要接種兩劑才算完成接種。因此過程中也有可能因暴露而受到感染，並非接種疫苗所致。
Q11：接種COVID-19疫苗會導致我SARS-CoV-2核酸檢測陽性？
否。目前國際間使用的COVID-19疫苗，並沒有包含具活性的SARS-CoV-2病毒，因此不會導致COVID-19核酸檢測陽性（不會影響SARS-CoV-2 的PCR檢測結果）。
但當您的身體產生疫苗接種後或自然感染後的免疫反應，您的血清抗體檢測將呈現陽性反應。雖可藉由檢測不同免疫蛋白之血清抗體試劑，鑑別是來自疫苗註射或自然感染之血清抗體陽性反應，唯標準檢測血清抗體試劑尚未取得，且抗體陽性能持續被檢測多久亦未知。
Q12：接種疫苗後假使又感染COVID-19，會增加疾病嚴重度或影響治療效果嗎？
接種COVID-19疫苗後，大部分人體內會產生對抗SARS-CoV-2的免疫力；因此假使又感染到COVID-19，疫苗接種後體內產生之細胞性免疫力與體液性免疫力，將使疾病表現較輕微。另接種疫苗不會影響藥物對COVID-19的治療效果。
Q13：COVID-19疫苗會影響人的生育力?
實價登錄目前沒有證據顯示COVID-19疫苗對生育力有不良影響。將COVID-19疫苗與生育能力做關聯性的說法是推測性的，目前的科學數據並不支持這種說法。
COVID-19疫苗的動物實驗並未顯示，疫苗對生殖系統有直接或間接的生殖毒性；生殖毒性試驗的初步結果亦顯示，COVID-19疫苗並未對男性精子數量造成影響。
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